曙光双路刀片助力医学高性能计算

"使用基于曙光Intel双路刀片服务器系统，极大地提高了运算速度。"
--中国医学科学院病原生物学研究所

随着中国医学研究领域的不断深化，原有的计算服务器体系已越来越不能满足高性能计算方面的需求，中国医学科学院华在病原体研究等方面系统访问量巨大且应用高峰期频频出现，存储系统的空间也严重不足；同时随着相关领域的不断纵深发展，对高性能计算的迫切需求变得日益突出，原有的计算系统已不堪重负。

中国医学科学院病原生物学研究所与中国服务器旗舰厂商曙光公司深度合作，曙光公司为中国医学科学院病原生物学研究所提供了一个具有高度适应性的高性能计算平台。曙光公司除了为中国医学科学院病原生物学研究所用户提供包括CB60-F（Intel计算刀片）集群系统外，还提供了曙光曙光DS6310FE石硬盘、BladeEngine刀片平台、A950r-F网卡、Infiniband网络设备及相关天潮机柜与Force10 S50N交换机系统，实现了物尽其用，综合配备，最大程度地满足了中国医科院病原所科研工作对高性能计算能力及存储的需求。

中国医学科学院病原生物学研究所研究工作面临运算挑战

随着国家对医疗卫生事业的日渐重视，结合SARS、H1N1等流行性传染病的疾控要求的日益紧迫，我国有关医疗系统也开始加快了医疗尖端设备的购置投入。特别是以中国医学科学院病原生物学研究所更上走在行业前面。为应对突发性疾病，更快对各类疾病病原体进行快速高效的研究分析，中国医学科学院病原生物学研究所迫切需要一系列大型计算系统支持其日益严格的科学研究，但由于原有的研究运算系统的运算速度与运算质量越来越不能满足日益增加的研究项目需求，特别是对高性能计算、网络计算和虚拟机技术等方面的需求激增，随着医疗医学研究项目的深入和用户不断增加，以及海量信息处理、信息开发和科学研究对高性能计算服务的需求，中国医学科学院病原生物学研究所对高性能计算能力的需求越来越大，存储系统的空间也严重不足，数字化医学研究系统已不堪重负。

同时，中国医学科学院病原生物学研究所原有的计算系统依然需要继续运行。因此具有优化整合原有集群、易管理、且具有优异的性价比、服务优势显得极为迫切。

中国医学科学院病原生物学研究所急需搭建一种在高性能计算方面具有高速度、高质量、易管理的大型计算平台，以保障日益增加扩大的日常教学和科学研究工作的迫切需求。

中国高性能计算领导者的曙光公司获悉后立即与中国医学科学院病原生物学研究所进行接洽，并在最短的时间内提出了系统的解决方案，本方案使用曙光高性能刀片和SMP胖节点混合的结构，从而满足不同类型的应用。刀片使用Xeon 5430四核处理器，主频达到2.66GHz。针对病源所软件pipeline，专门进行了优化。使用SMP胖节点曙光A950-F，单机性能达到32核心。。基于病源所软件的应用特点，单机浮点计算能力要求高，大规模并行能力强的特点，我们在各计算刀片之间Infiniband高速互联，使得系统带宽达到20Gb，延时仅为1.5us，大幅提高并行处理能力和效率。用户应用类型对I/O有较大需求，方案采用。基于以上的分析，本方案的计算系统的主体由曙光刀片加SMP胖节点，互联采用infiniband高速网组成。